Ainsi nous avons modelé génétiquement la tomate pendant 10 000 ans

L’analyse génétique de plus de 300 variétés de tomate a permis de reconstituer comment les humains ont modifié la plante par la sélection artificelle (procédé qui consiste à croiser volontairement les organismes qui disposent de caractères (couleur, goût, productivité…) que l’on désire perpétuer). Les tomates actuelles sont 100 fois plus grande que les originales et nous avons changé 25% du génome.

Chaque fois que vous mangez un morceau de tomates, vous avez  dans la bouche un morceau de l’histoire humaine et les efforts de milliers d’agriculteurs pour obtenir un aliment plus grand et plus savoureux. L’histoire de ce fruit remonte à un moment indéterminé, il y a environ 10.000 ans, quand les premiers hommes ont pris un petit fruit sauvage et ont commencé à le cultiver dans le continent américain. Lorsque les Espagnols sont arrivés dans la nouvelle terre, ils ont trouvé l’un des ancêtres probables de ce fruit, dans lequel les Aztèques ont vu la forme d’un nombril (dans leur langue, Xitomatl est “fruit avec nombril“) et l’apporteront en Europe. 

Cinq cents ans plus tard, on produit annuellement environ 162 millions de tonnes de tomates dans le monde avec une valeur de 40 000 millions d’euros, et des dizaines de variétés consommées dans tous les pays.

Mais, comment la sélection artificielle a influencé ce que nous connaissons  maintenant qu’est la tomate? 

L’équipe sanwen Huang , de l’Académie des sciences agricoles de Chine, a publié la semaine dernière dans Nture Genetics la première analyse complète du génome de la tomate (Solanum Lycopersicum)  à la recherche des changements causés par des centaines de générations d’agriculteurs. Pour leur étude, les chercheurs ont séquencé le génome de 360 variétés de tomate du monde entier, y compris les espèces sauvages et domestiques, et ont constaté que des changements ont eu lieu en deux phases distinctes: la domestication des plantes et l’amélioration de leurs propriétés.

Huang et son équipe ont identifié un groupe de tomates qui sont un peu intermédiaires entre les fruits sauvages d’origine et ceux vendus dans le commerce aujourd’hui. Comme expliqué dans Nature Genetics, ce groupe aurait été domestiqué mais n’a pas passé par le processus supplémentaire de l’amélioration du poids et du calibre. Selon leur analyse, environ 8% du génome de la tomate a été modifié au cours de domestication et de 7% dans la phase ultérieure d’amélioration. Le résultat, ajoutent-ils, est une tomate moderne “100 fois plus grande que son ancêtre.”

En parallèle, cette amélioration a eu comme conséquence négative la réduction de la diversité génétique de la tomate, ce qui limite la capacité des agriculteurs à croiser des variétés. 

Une phase très importante dans les changements introduits dans le génome par les producteurs s’est produite beaucoup plus récemment (depuis les années 70 du 20ème siècle) et c’était la combinaison des caractéristiques de différentes espèces à travers un processus appelé interogression génétique.

Certains gènes de résistance aux virus ou aux nématodes, contenus dans les tomates commerciales modernes ont été “prélevés“ des anciennes espèces.

Tous ces changements, depuis la domestication et l’amélioration par les variations d’introgression, occupent, selon les auteurs de l’étude, environ 25% du génome de la tomate, c’est l’empreinte des centaines de générations à la recherche d’un meilleur fruit.

Pour José Miguel Mulet, professeur de biotechnologie à l’Université Polytechnique de Valence, les résultats de cette étude indiquent que “les avancés et les progrès de la biologie moléculaire en Chine a pris les devants dans le monde”. Par analogie, raconte Ensuite, les développements actuels c’est “comme avoir un GPS”, afin que nous sachions exactement toutes les coordonnés du génome de la tomate. “Cela nous permettra“, dit Mulet, “d’apporter une amélioration génétique guidée de la tomate, c’est à dire savoir quels gènes nous voulons promouvoir et les quels on veut faire taire.”

Source: vozpopuli.com